AccuNext MNase 核小体 DNA 文库制备试剂盒

产品货号:AG12572 / AG12573

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价格范围:¥1,200 至 ¥3,000

产品描述

本产品是以微球菌核酸酶(Micrococcal Nuclease,MNase)为基础研发的试剂盒,适用于核小体定位与占位分析、基因转录调控机制研究、表观遗传与染色质重塑研究、疾病机制探索、进化与发育生物学应用等方面。本产品样本起始量可低至104~105个细胞。
它利用微球菌核酸酶的特性,选择性消化裸露的 DNA,保留核小体(nucleosome)包裹的 DNA 片段,便于后续建库与高通量测序分析。
本产品的反应体系经过精心优化,所有试剂请使用本产品中提供的,不建议改变任何反应组分或使用其他的等效产品替换本产品中组分,以免获得不良的实验结果。如需替换,请先进行验证。

 

产品优势

1. 高特异性:MNase Enzyme 精准消化裸露 DNA,保留完整核小体 DNA 片段(~150 bp大小的单体峰显著)。
2. 双酶协同消化:MNase Enzyme + Exonuclease Ⅲ Enzyme 联合使用,减少背景噪音,提升核小体定位分辨率。
3. 全流程优化:预混缓冲液确保消化效率,DNA Clean Beads 纯化替代酚氯抽提,操作更安全、纯化回收率更高。

 

产品组成

Package 2-1 组分如下(4℃保存):

组分 AG12572 AG12573
DNA Clean Beads 540 μl 1.7 ml

Package 2-2 组分如下(-20℃保存):

组分 AG12572 AG12573
RNase A ( 10 mg / ml ) 6 μl 20 μl
Proteinase K ( 20 mg / ml ) 20 μl 60 μl
Lysis Buffer 200 μl 600 μl
Wash Buffer Ⅰ 1 ml x 2 pcs 1.5 ml x 4 pcs
1% Digitonin 4 μl 12 μl
Dilution Buffer 300 μl 1 ml
MNase Enzyme 4 μl 12 μl
Exonuclease Ⅲ Enzyme( 5 U / μl ) 4 μl 12 μl
MNase Digestion Buffer 200 μl 600 μl
MNase Stop Buffer 24 μl 75 μl
10% SDS 24 μl 75 μl
Nuclease free water 1 ml 1 ml x 2 pcs

注意:建议使用 AccuNext DNA 文库制备试剂盒(Illumina)(Code No. AG12535 / AG12536)进行后续建库,同时可搭配购买 AccuNext CDI 接头引物(Illumina,适用于DNA 文库)(Code No. AG12529 / AG12530 / AG12531)、AccuNext 短接头引物(Illumina,适用于DNA文库)(Code No. AG12537 / AG12538)。

 

保存与运输
保存温度:Package 2-1   4℃ 保存(避免冻结)
Package 2-2   -20℃ 保存
运输温度:Package 2-1 冰袋运输
Package 2-2 干冰运输或 -20℃ 冰袋运输
稳定性:未开封试剂有效期 12 个月,开封后按组分要求保存(如 MNase Enzyme 分装后-20℃保存≤6 个月)。
实验示例

1. 使用本产品对 1×104 K562 Cells 进行MNase 片段化,琼脂糖凝胶电泳检测结果如下:

2. 使用本产品对不同的细胞量 K562 Cells(1×105、5×104、1×104)进行文库构建,结果显示不同细胞量均可获得较好的测序数据,片段长度分布较集中、TSS 富集正常、平行样本的相关性较好以及IGV 覆盖图有清晰的峰谷对比,如下图所示:

a) 文库片段长度分布图:片段长度集中在~150 bp 大小

b) TSS 区域(转录起始位点附近 ):呈现“倒置”或“凹陷”形态
原因:启动子区域的核小体排布在大多数经典基因的启动子区域,存在一种非常保守的核小体组织模式。

  • 核小体空缺区(Nucleosome-Free Region, NFR):基因的转录起始位点(TSS)附近通常存在一个缺乏核小体的区域。这个开放区域为转录机器(如 RNA 聚合酶 II)和各类转录因子提供了结合位点,是启动基因转录的关键。
  • flanking nucleosomes:在这个核小体空缺区的上下游两侧,则规律地排列着被核小体保护的 DNA 区段。紧邻 NFR 下游的第一个核小体常被称为+1 核小体,上游的第一个则称为-1 核小体。

c) 样本相关性分析:以 5×104 细胞 +100 U MNase 组为例

d) IGV 覆盖图:正对照来自https://ngdc.cncb.ac.cn/nucmap/samples.

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